En enero de 1925, llegan a Rafaela los primeros religiosos que se instalaron en el edificio de calle 9 de julio, en el mismo lugar donde funcionaba el Colegio “San José” del Padre Zapico. El 6 de enero se firma el contrato de transferencia mediante el cual los H.H. Maristas compran al Pbro. Evilasio Zapico y a Don Benito Anduiza el Colegio “San José”. Firman ese contrato en representación de la Congregación los Hermanos Filomeno y Protasio Pascal, siendo este último el primer Director del Establecimiento. El Acta Nº1 del Libro de Inspecciones del año 1925 la inscripción alcanza a 153 alumnos varones distribuyéndose así: 35 pupilos, 10 medio pupilos y 108 externos, de 1ero a 5to. En 1929 la Congregación abre los cursos comerciales de 3 años de estudios, con título de Tenedor de Libros. En 1930, como complemento necesario e imprescindible para los alumnos pupilos, medio pupilos y externos se funda la Biblioteca “Champagnat”. El 19 de julio de 1936, con asistencia de la autoridades locales, se inaugura la cancha de Basket-ball y el Frontón y sede del Centro de Exalumnos Maristas. Estaba la cancha ubicada al lado del Club Ben-Hur, entre las calles Saavedra, Aristóbulo del Valle y Sargento Cabral. Otro acontecimiento significativo fue la inauguración de la Capilla, el 15 de agosto, en el día de la fiesta patronal del Instituto. Bendecida por el Cura Párroco Pbro. Emiliano Cerdán. Comienza el año 1944 y el Colegio ya tiene incorporados los cinco años comerciales. En 1948 se interrumpe la enseñanza y se reanuda en 1963 con una inscripción muy superior a la esperada. Se encara la adquisición de un campo de deportes sobre la Ruta 166 (hoy ruta 70). El campo de deportes es inaugurado en 1966. En 1968 se adquiere un ómnibus usado (marca MAN), para el traslado de los alumnos al campo de deportes. A partir de 1970 la Congregación decide suspender el Pensionado Católico ya que no tiene razón de ser porque la mayoría de los pueblos cuentan con establecimientos de enseñanza media y los alumnos estudian en sus respectivas localidades. En 1975 se inicia la enseñanza mixta desde preescolar hasta 3º grado, que irá extendiéndose paulatinamente a los otros cursos y a la sección secundaria, en la que regirá a partir de 1978. Entre 1989 y 1996 los Hermanos Maristas delegan la gestión pedagógica y administrativa a la Fundación Colegio San José, integrada por un grupo de padres. En 1990 se inició la construcción, sobre calle 9 de julio, de un edificio nuevo donde se ubican actualmente, en planta baja, la Biblioteca y Microcine, la Capilla, la sala de Música e Informática. En la planta alta, el gimnasio que hace las veces de salón de usos múltiples. El 21 de junio de 1995 el Hno. Provincial se entrevista con el Obispo Diocesano Monseñor Héctor G. Romero para analizar la posibilidad de que el Colegio sea traspasado al Obispado. “El Señor Obispo y la Congregación de Hermanos se comprometen a asegurar la impronta católica y Marista del Colegio”. Cuando los Hermanos Maristas se retiran del Colegio, Monseñor Héctor G. Romero designa con fecha 24 de octubre de 1996 al Pbro. Dr. Carmelo Greco representante del Obispado y responsable del Área Pastoral en el Colegio. En 1997 se habilita el Jardín para niños de 3 años. En el año 2000 la Congregación de los Hermanos Maristas dona el Colegio San José al Obispado de Rafaela, quién se hace cargo integralmente de su gestion.En el año 2003 la Comunidad Educativa del Colegio San José recibe a Monseñor Carlos María Franzini en su primera visita Pastoral a la Institución. En el año 2004 el Obispo designa nuevas autoridades que actualmente se encuentran gestionando el Colegio. Es el organismo de coordinación y animación del Colegio integrado por la Directora General, la Directora de Pastoral, los Directores y Vicedirectores de cada nivel educativo, pudiéndose ampliar a otros integrantes cuando las circunstancias así lo requieran
